Historia de San Martín
Las referencias históricas del departamento de San Martín provienen de los primeros años de la conquista cuando se iniciaron las obras exploratorias de la Amazonía, conocidas tradicionalmente como «entradas», las primeras de estas las realizó Alonso Alvarado en 1539, quien antes en 1535 ya había llegado con 13 hombres hasta la zona de Chachapoyas. La ciudad de Santiago de los Ocho Valles de Moyobamba, fundada en 1540, por Juan Pérez de Guevara, por orden de Alonso de Alvarado, fue la primera población española en la selva. En sus orígenes parecía un cuartel general en el que se organizaban las expediciones de reconocimiento y misiones evangelizadoras.
En 1782, el obispo de Trujillo, Baltazar Jaime Martínez de Compañón, fundó la ciudad de Tarapoto, nombre tomado de una palmera local. En 1868, el presidente José ley del Congreso, estableció como capital Moyobamba. Durante el gobierno del Mariscal Ramón Castilla se instituye la primera prefectura y la primera Corte Superior de Justicia.
Posteriormente el capitán español José Gaspar López Salcedo fundó el 24 de septiembre de 1827 la ciudad de Juanjui una contracción de «Juan Huido».
Desde mediados hasta fines del siglo XIX, la producción y explotación de sombreros de paja bombonaje o toquilla causaron un auge económico, con la apertura de numerosos negocios locales.
Tras la fiebre del caucho en el río Amazonas, gran parte de la población, abandonó la región con el fin de encontrar nuevas riquezas, en su lugar, llegaron a la región las primeras familias extranjeras (principalmente de Francia, Rusia y el Imperio Otomano) que empezaron a desarrollar el movimiento comercial con el Brasil. Tras disolverse la Capitulación de Maynas y Quijos, las provincias de Moyobamba, Huallaga y Santa Cruz acordaron unificarse, dando lugar a la creación de esta hermosa y acogedora región el 6 de septiembre de 1906 para honrar la memoria del Libertador del Sur, José de San Martín.
Por un momento, debido al aislamiento político que sufría por el gobierno general de Lima, se desarrolló el Movimiento de Cervantes que amenazó con convertir la región, junto a Loreto en una nueva República, pero la llegada de contingentes militares detuvo el nacionalismo del área y desató revueltas que cesaron rápidamente. Hasta antes de la construcción vial, la comunicación regional se realizaba por vía aérea, y casi todas las localidades contaban con su propio aeropuerto o campo de aterrizaje, también era muy activo el flujo comercial fluvial con Iquitos y el Brasil. Con la construcción de la carretera Marginal de la Selva o carretera arquitecto Fernando Belaúnde Terry, en la década de los años 60, se logró la importante conexión terrestre con el resto del país.
En varias oportunidades los poderes políticos de Lima intentaron redefinir la región. Durante el primer mandato del presidente Alan García Pérez, se fusionó la región con La Libertad, pero luego de un referéndum se disolvió la estructura. A fines de los años 1980 también se intentó separar a varias provincias con la finalidad de unirlas a regiones vecinas, desatando protestas y luego un plebiscito, en la cual la población desaprobó totalmente tal acción. En el 2007, nuevamente durante el segundo mandato del presidente Alan García, se desataron multitudinarias protestas que reunieron a miles de personas en diversas ciudades de la Región, para evitar y reprochar la posibilidad de ceder parte del territorio de las Provincias de Lamas y San Martín a Loreto, para su explotación petrolera y territorial.
Desplazados de finales del siglo XX
Durante la guerra contra el terrorismo entre 1990 y el año 2000, la zona sur de la región (Tocache, al igual que grandes áreas de las provincias de Mariscal Cáceres, Bellavista, Huallaga y numerosas localidades en el resto del departamento, quedaron inmersos en la violencia y poder del narcotráfico. Según APRODEH unas 30.000 personas se desplazaron internamente, encontrando refugio especialmente en Tarapoto y Moyobamba, ciudades que también sufrían embates de las guerrillas y la violencia generalizada, como ejecuciones extrajudiciales, saqueos y destrucción de locales institucionales y cables de transmisión eléctrica. Asimismo unas 40.000 personas de diversas regiones de Perú, encontraron refugio en el departamento.
En los últimos años el pujante crecimiento económico y la diversidad cultural de la región, han alentado a una migración elevada especialmente desde departamento de Cajamarca, departamento de Loreto y departamento de Amazonas, se cree que entre 1993 y el año 2007, hasta 100,000 migrantes económicos han ingresado en la región.