Lucha de los conquistadores Francisco Pizarro y Diego de Almagro
En esos primeros años de la conquista también hubo luchas entre los españoles. El conflicto más serio fue la lucha de los conquistadores Francisco Pizarro y Diego de Almagro, los antiguos aliados.
Almagro había sido designado para conquistar territorios que ahora forman parte de Chile. En 1537 regresó al Cusco con sus tropas, al no haber encontrado las riquezas deseadas. Llegó a controlar el Cusco.
La lucha de los conquistadores comenzó en 1538 donde se enfrentaron los ejércitos de Pizarro y Almagro a 5 kilómetros al Sur del Cusco. Allí fue librada la llamada Batalla de las Salinas. En ausencia de Francisco Pizarro, quien estaba en Lima, las tropas comandadas por sus hermanos Gonzalo y Hernando Pizarro derrotaron a las de Diego de Almagro, quien fue ajusticiado. Tenía 63 años. Su hijo, Diego de Almagro El Mozo, juró tomar venganza.
Transcurridos tres años y dos meses, el 26 de junio de 1541 unos veinte partidarios de Diego El Mozo, fuertemente armados, ingresaron violentamente a la Casa del Gobernador Francisco Pizarro, en la Plaza Mayor de Lima. Pizarro logró dar muerte con su espada a dos de los atacantes. Cuando se disponía a dar cuenta de un tercero, recibió un tajo en la garganta, que le derribó al piso, donde fue rematado. Antes de expirar, utilizando un dedo con su sangre dibujó una Cruz, que besó, encomendándose a Dios. Tenía 65 años.